A partire dal 1495, Alessandro VI Borgia (1492-1503) diede l'avvio ad una organica campagna di potenziamento che interessò le strutture difensive di Castel Sant'Angelo. I torrioni angolari, fatti edificare da Niccolò V Parentucelli (1447-1455), furono avvolti da grossi muri perimetrali a formare baluardi poligonali, entro i quali trovavano posto le cannoniere. I lavori relativi al bastione San Giovanni furono affidati a tale “Mastro Filippo”.
Il baluardo fu quasi del tutto ricostruito alla fine del XIX secolo sotto la direzione del Generale Mariano Borgatti, che intraprese lavori di restauro per accogliere in Castel Sant'Angelo il Museo del Genio Militare.
Al suo interno è un torrione cilindrico, che ripropone l'originaria struttura di Niccolò V. Nella torretta trova posto la ricostruzione di un'officina di armaiolo cinquecentesca, testimonianza del primo allestimento museale del castello.